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转录调控测序

差异基因整体分布情况分析

差异表达基因以火山图、聚类热图、韦恩图等形式展示,可直观展示样本间差异基因表达的情况。用火山图可直观展示不同实验条件下差异基因的分布情况。

操纵子预测及基因结构分析

原核生物功能上相关的几个基因往往串联排列在一起,构成操纵子(Operon)结构作为基因的表达单元,受上游共同的调控区和下游转录终止信号的调控。转录时,几个基因转录在一条mRNA链上,再分别翻译成各自不同的蛋白质。

原核sRNA结构分析

细菌中,长度在 50~500 nt 的非编码RNA通常定义为小RNA(Small RNA, sRNA)。鉴定出新的基因间区转录本,通过比对,将注释不上的转录本作为候选的非编码sRNA。

差异基因功能富集分析

有向无环图(Directed Acyclic Graph, DAG)为差异基因GO富集分析结果的图形化展示方式。右图中,分支代表包含关系,从上至下所定义的功能范围越来越小,颜色的深浅代表富集程度。

差异基因功能富集

差异基因GO富集柱状图,直观的反映出在生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)
和分子功能(molecular function)富集的GO term上差异基因的个数分布情况。

差异基因功能富集分析

散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。在下图中,KEGG富集程度通过Rich factor、Qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。

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