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基因组测序

完美基因组(T2T基因组)

完美基因组—抵达探索生物奥秘的终点

T2T(Telomere-to-telomere)基因组:是指组装的无gap的端粒到端粒的基因组 (在rDNA区域、性染色体、着丝粒中可能允许少量gaps);具有非常高的Q值(准 确性)和BUSCO值(完整性);在原始数据与组装之间具有最小的结构性错误。
  • 1.策略推荐

    60X HiFi + 100X Ultra-long ONT(N50 > 100K)+ 50X 二代 + 100X Hic
    (1)60X HiFi数据使用Hifiasm进行组装,得到HiFi contig,较常规组装(30X)深度更高,可得到完整性、连续性更高的contig骨架基因组,同时还可为单体型-T2T提供深度支持,进行单体型-T2T组装;
    (2)100X Ultra-long ONT(N50 > 100K)数据使用Nextdenovo进行组装,并使用50X Illumina数据进行纠错,得到ONT contig,使用Ultra-long ONT组装目的是得到片段超长的contig基因组;
    (3)100X Hic数据经Hicup质控,对Hifi contig及ONT contig两版基因组进行Allhic挂载得到基因组染色体版本;
    以HiFi 染色体级别基因组作为Reference,将Ultra-long ONT染色体级别基因组与其进行相互Merge,最终得到T2T级别基因组。
  • 2.T2T基因组质量评估

    T2T基因组组装完成后,需要进行以下评估内容:
    1)基因组评估:包含BUSCO评估(>95%)、序列一致性评估(>98%)、QV评估(>45)等。
    2)与该物种发表最佳版本基因组进行共线性评估:Mummer。
    3)着丝粒、端粒鉴定:对着丝粒、端粒进行预测,若研究较成熟物种(序列已知),将其与基因组直接比对查验。例如:人类端粒(TTAGGG)、拟南芥端粒(TTTAGGG)。
    4)着丝粒也可使用Chip-seq、FISH等实验进行验证。
    5)填补Gap区域可使用PCR实验进行验证。
    J9九游会端粒、着丝粒鉴定及已发表基因组比对
  • 3.适用物种推荐

    动物:哺乳动物、淡水鱼类(详细评估)。
    植物:1G以内常规物种,及玉米、大豆、拟南芥等。
    特殊物种:部分异源多倍体可承诺(仅限棉花、油菜等)。
  • 4.应用方向

拓展材料

  • 收藏好文

    育种专题 | 单体型基因组组装完整方案
  • 线上课程

    基于三代测序的基因组组装优势/流程/常用软件

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