Hi-C测序-经典案例-J9九游会

J9九游会

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Hi-C测序

案例一 Hi-C多组学技术揭示猪增重和减肥过程中脂肪三维基因组动态变化

Dynamic chromatin architecture of the porcine adipose tissues with weight gain and loss

期刊：Nature Communications
影响因子：17.694
发表单位：四川农业大学
测序产品：HiC、泛基因组、 RNA-seq 、ChIP-seq 、比较基因组
研究意义：结果为深入解析猪脂肪性状形成的分子机理、利用分子育种技术改良脂肪性状进而培育优质高效猪新品种提供了重要数据和理论支撑。

一、研究思路

二、研究结论

1. 区室重排/TAD重构调控基因表达
差异TAD可能引起了基因启动子与调控元件间不同的相互作用，进而影响了基因表达； ULB中特定存在的TAD边界引起了成脂相关基因EN1高表达（图2i），GOM中特定缺失的TAD则促进了促炎基因TCF21高表达（图2j）；
2. 远端增强子-启动子互作PEIs定位调控靶基因
根据PRS与增强子活性分布进一步定位炎症相关基因簇，WL （减重后）仍保有WG组（增重组）的高RPS以及高表达炎症基因簇，说明猪部分炎症相关基因存在典型的“肥胖记忆效应” 。

案例二 Hi-C多组学技术揭示染色质三维结构与表观重塑促进干细胞命运转变

Lineage-specific rearrangement of chromatin loops and epigenomic features during adipocytes and osteoblasts commitment

期刊：Cell Death & Differentiation
影响因子：12.067
测序产品：HiC、 RNA-seq 、ChIP-seq 、ATAC-seq
发表单位：西安交通大学

一、研究思路

二、研究结论

1. Hi-C&RNA&ChIP多组学：特异增强子与loop联合对hMSCs分化的影响
分化前后互作/A/B、TAD、loop三维结构存在特异性变化；该过程伴随着增强子的重塑，进而影响相关基因的特异性激活。
2. Hi-C&ATAC&RNA多组学：染色质开放性、TF与基因表达、三维结构影响hMSCs分化
染色质开放性研究揭示特异性TFs开放域倾向于富集在特异性loop中,大部分上调基因的peak与H3K27ac修饰、更高的Hi-C接触密度显著相关。