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送样建议

ATAC-seq(mini ATAC-seq)

声明:
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与J9九游会技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

1. 细胞类样本

  • 1.1 贴壁细胞

    样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
    冻存贴壁细胞

    常量ATAC:>50万/份
    微量ATAC:>1万/份
    细胞复苏后活性大于80%,建议送2份,一份备份

    冻存液冻存后将冻存管置于密封袋中,液氮保存,干冰运输。

    送样前需消化成单细胞悬液,尽量去除细胞团/碎片/杂质等。
    新鲜贴壁细胞

    常量ATAC:>10万/份
    微量ATAC:>5千/份
    活性大于80%,建议送2份,一份备份

    至少提前2天预约实验;
    推出短途、中途、长途不同运输方案,具体送样方案联系J9九游会。

    冻存贴壁细胞处理方法:
    (1)取出贴壁细胞,显微镜下观察,确定生长状态是否良好,是否有细菌污染。
    (2)吸掉培养基,向细胞培养瓶/皿中加入1×PBS(根据培养器皿调整PBS用量),洗2次。
    (3)弃尽PBS,加入适量胰酶放回37℃培养箱中消化,利用完全培养基终止反应。
    (4)加入500μl 1×PBS洗涤,4°C,500g离心5min,小心吸掉全部上清。
    (5)用冻存液(60%完全培养基+30%FBS+10%DMSO)(百分比指体积比)重悬细胞沉淀,按照建议送样量分装,移至冻存管(请提前配置细胞冻存液且置于冰上预冷,防止新配置的冻存液过热损伤细胞,待冻存液恢复室温后使用)。
    (6)将冻存管置于程序降温冻存盒,于-80℃冰箱梯度降温并暂时保存(请严格按照程序降温来操作,对细胞造成的损伤最小)。24h后,请将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。若没有程序降温冻存盒,建议使用人工传统降温方法:冻存管置于4℃ 10min→-20℃ 30min→-80℃ 16-18h(或过夜,最长放置不超过一个月)→转移至液氮长期储存。
    注意:由于细胞复苏后需活细胞数大于5万,因此冻存细胞量至少超出10倍(50W左右,若针对特殊细胞则应加大细胞量)。
    新鲜贴壁细胞处理方法:
    (1)确定生长状态良好且无污染;
    (2)吸掉培养基,加入适量 1×PBS(体系中不可含 Mg2+和 Ca2+)洗 2 次,吸尽培养基;
    (3)小心吸除 PBS,加入适量胰酶,37℃培养箱中消化,消化时间和方式请根据细胞类型进行调整,以显微镜下观察细胞是否分散作为调整标准;
    (4)加入 5 mL 含血清的完全培养基终止消化,用吸管轻轻地吹下贴壁细胞,500×g 离心 5 min, 小心去上清;
    (5)加入 1×PBS 清洗一次,4℃ 500×g 离心 5 min,弃上清;
    (6)用 1 ml 以上的培养基/血清重悬细胞沉淀,转移至 2 ml 离心管中,用 parafilm 对离心管进行密封。


  • 1.2 悬浮细胞

    样本类型 送样量 样本保存和运输
    冻存悬浮细胞 >常量ATAC:>50万/份
    微量ATAC:>1万/份
    细胞复苏后活性大于80%,建议送2份,一份备份。
    冻存液冻存后将冻存管置于密封袋中,液氮保存,干冰运输
    新鲜悬浮细胞 >常量ATAC:>10万/份
    微量ATAC:>5千/份
    活性大于80%,建议送2份,一份备份
    至少提前2天预约实验;
    推出短途、中途、长途不同运输方案,具体送样方案联系J9九游会。
    冻存悬浮细胞处理方法:
    (1)取出悬浮细胞于显微镜下观察,确定培养细胞生长状态是否良好,是否有细菌污染。
    (2)收集细胞,吸掉全部上清,加入500?l 1×PBS洗涤,4°C 500g离心5min,小心弃上清。
    (3)用冻存液(60%完全培养基+30%FBS+10%DMSO)(百分比指体积比)重悬细胞沉淀,分装细胞,移至冻存管(请提前配置细胞冻存液,防止新配置的冻存液过热损伤细胞,待冻存液恢复室温后使用)。
    (4)将冻存管置于程序降温冻存盒,于-80℃冰箱梯度降温并暂时保存。24h后,请将程序降温盒中的细胞样本转移至液氮中保存。若没有程序降温冻存盒,建议使用人工传统降温方法:冻存管置于4℃ 10min→-20℃ 30min→-80℃ 16-18h(或过夜,最长放置不超过一个月)→转移至液氮长期储存。
    注意:由于细胞复苏后需活细胞数大于5万,因此冻存细胞量至少超出10倍(50W左右,若针对特殊细胞则应加大细胞量)。
    新鲜悬浮细胞处理方法:
    (1)确定细胞生长状态良好且无污染;
    (2)进行细胞计数,每样本取10万/5千个细胞以上,细胞悬液 4℃ 500×g 离心 5 min,小心去上清,离心条件可根据细胞类型进行调整;
    (3)加入 1 mL 1×PBS 重悬细胞沉淀,清洗一次,4℃ 500×g 离心 5 min,小心弃上清;
    (4)用 1 ml 以上的培养基/血清重悬细胞沉淀,转移至 2 ml 离心管中,用 parafilm 对离心管进行密封。

2. 动物组织

  • 样本类型 送样量 样本保存和运输
    动物组织 常规组织:50mg/份,备份1-2份。特殊组织类型需评估。 置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。
    动物组织处理方法:
    (1)取下新鲜组织,立即剔除结缔组织和脂肪等杂质。
    (2)将组织转移至新离心管中,用预冷的PBS溶液漂洗至将组织表面的残留血液冲洗干净。
    (3)将冲洗干净的组织样本取出并用无尘纸擦干水分,若组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片(每份约50mg),之后置于2ml旋盖冻存管内,准备标记样本名称。
    (4)迅速置于液氮中冷冻30min,然后转移至-80℃冰箱中保存。

3. 植物组织

  • 样本类型 送样量 样本保存和运输
    植物组织 幼嫩的组织叶片300mg,种子、根等特殊组织部位500~1000mg。备份1-2份。特殊组织类型需评估。 置于密封袋中,液氮速冻,干冰运输。
    建议选取幼嫩的叶片,种子、根等。
    植物组织处理方法:
    (1)从植物体上取下新鲜组织,后用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干。
    (2)如果组织体积较大,应在冰上将组织切成小块或薄片,然后放入2ml或更大体积的旋盖冻存管中,每份>300mg,准备标记样本名称。
    (3)立即浸入液氮中速冻30min,之后保存于-80℃冰箱。

4. 其他类型样本

  • 样本类型 送样量
    全血 需要分离出细胞,按细胞要求送样。
    自建库 体积≥15μl;qPCR浓度大于2nmol/L。

5. 注意事项

(1)确保样本无外源污染,ATAC实验不对样本进行污染检测。
(2)组织样本【勿】使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。
(3)取样过程中,为减少人为造成的样品间差异,可以采取如下措施:取样时间、部位、处理条件、性别、年龄、操作等过程尽可能保持一致,以免影响实验结果的可重复性和可信度。
(4)原代细胞、经流式分选等初始活性较低的细胞样本,需评估。
(5)结缔组织、脂肪组织、骨骼、血液、皮肤、毛发等特殊组织部位,需评估。
(6)收集好的样品放到EP管中(不建议将样品直接装入密封袋),干冰运输并录样为【RNA组织】。
(7)如需混样进行项目,建议寄送样本前自行混样。

6 样本打包及寄送建议

  • 6.1 样本的打包

    (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。
    (2)组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
    (3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
    (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
    (5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
    (6)为便于处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。
  • 6.2 样本的名称标识

    (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
    (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
    (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
    (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。

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